D.  Tomás Aragüés Bernad (1935-2022) fue el fundador y primer director del Conjunto Barroco de San Sebastián en 1974. El año anterior había sido nombrado Catedrático de Solfeo y Teoría de la Música del Conservatorio de Música de San Sebastián , y en su tiempo libre empezó a dirigir a un grupo de amigos amantes de la música. Sus miembros eran Fernando Saldaña, Carlos Fiel, Ángel Pérez y Juan Torregaray. Al poco tiempo se les unieron  Rosario Urreta, su hija Mª Elena Martínez de Murguía y los hermanos Ana y Jesús  Muñoz-Baroja. Tomás Aragüés se volcó totalmente (tal vez por la alegría que veía en sus miembros), de manera que empezó a armonizarles pequeñas partituras para que las pudiesen tocar fácilmente. Gracias a su buen trabajo, consiguió dirigirles en el primer concierto que dio la formación. Junto a su labor como director, también acompañaba a la formación tocando el órgano durante el tiempo que estuvo en ella (1974-1979).  

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En esta época, Jose Mari Zubeldia (cello) se encargó de inscribir oficialmente  la formación bajo el nombre de Conjunto Barroco de San Sebastián. 

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La inquietud musical de los primeros miembros de la formación los llevó a estudiar nuevos instrumentos. Así, Carlos Fiel estudió la flauta travesera; Ángel Pérez, el contrabajo; y Juan Torregaray, la viola, gracias a la labor de Josefa Iribas (Pepita), profesora de piano, violín y viola muy apreciada por sus alumnos. 

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En breve se unieron al grupo Rafael López (violín), Luis Udaquiola (violín, profesor de cámara del Conservatorio de San Sebastián), su hermano Jose Mª Udaquiola (flauta travesera y tenor), Pedro Ochoa, Mª Pilar Ochoa de Eribe, Lourdes iglesias (violoncello). 

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En 1976 también se unieron Ana Mª Sebastián (violín), Mª Ángeles Etxebeste (violín) y Enrique Fanlo (violonchelo), todos ellos profesores del Conservatorio de San Sebastián. Desde sus primeros conciertos también participó Juan Manuel Gómez de Edeta, Catedrático de Trompa del Conservatorio de San Sebastián en esa época, como solista acompañado por otros instrumentistas de viento metal.

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Entre 1980-1983, Ana Mª Sebastián, que era la concertina del grupo, asumió la dirección del Conjunto Barroco, ya que Tomás Aragüés deja su puesto para dirigir la nueva orquesta del conservatorio. En 1981 la agrupación participa en el programa “Herriz Herri” organizado por el Gobierno Vasco para promocionar la música clásica en diferentes localidades del País Vasco, ofreciendo así diez conciertos. Con la ayuda económica que recibieron compraron en una lutheria sevillana el clavecín para el conjunto. 

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Después vinieron otros directores. Loreto Fernández Imaz (1983-1989), Jose Antonio Sainz Alfaro (1989-1992), Jose Antonio Pascual Puy (1992-1996), Gotzon Arrizabalaga (1996-2007) y, el actual director, Sergio Zapirain (2008 ).